1 整个身体由单个细胞组成原生动物即单细胞动物。
具有一般细胞所有的基本结构：细胞膜、细胞核、细胞质、细胞器（线粒体、核糖体、内质网等）。这种单细胞又是一个具有一切动物特性和生理机能的、独立完整的有机体。如具有运动、消化、呼吸、排泄、感应、生殖等机能。
以上生理机能是由各种特殊的细胞器来完成的：如：运动胞器———纤毛、鞭毛；摄食胞器———胞口、胞咽、食物泡；感觉胞器———眼点；调节体内水分的胞器———收集管、伸缩泡。
原生动物的定义：原生动物是一个完整的、能营独立生活的、单细胞结构的有机体。
2 身体微小
3 原始性：无论是形态结构还是生理功能在各类动物中是最简单、最原始的，反映了动物界最早祖先类型的特点。
4 有特殊的适应性
在不良环境下能形成包囊，在失去大部分结构后缩成一团，并分泌胶质在体外形成包囊膜，使自身与外界环境隔开，新陈代谢水平降低，处于休眠状态。等环境条件良好时又长出相应结构，脱囊而出，恢复正常生活。
5 群体单细胞动物。特点：由多个单细胞个体聚合而成的群体，但绝大多数群体内的单细胞个体具有相对独立性。如盘藻、空球藻、实球藻、团藻等。
形态功能
原生动物的形状变化很大。有原生质随意流动、形状不定的变形虫，有结构精巧、宛如雕刻着花纹的工艺品的放射虫和有孔虫。同一种类可因处于生活史的不同时期或不同的环境条件而改变形状。个体大小一般在10微米～1毫米之间。最小的只有2微米（如寄生在红细胞中的巴倍虫，大的长达19厘米（如早新生代的钱币虫）。
1.细胞膜：原生质体外面有一层细胞膜，使原生动物和外界环境隔开。任何物质渗入体内或排出体外都必须通过这层细胞膜。植鞭毛纲中的衣滴虫等在细胞膜外还包有细胞壁，但在眼虫则为有弹性的表膜。正是由于这种表膜构造,使大多数原生动物既有比较稳定的形状,又能够行动自如。变形虫的表膜薄，有利于伸出伪足。有些鞭毛虫、肉足虫、纤毛虫有硅质、钙质、纤维质的外壳，人们认为这些外壳的基质是在细胞内形成后再移到表膜外的。
2.细胞质：一般可分为透明、致密的外质和液态、流动的内质。细胞质中含有各种颗粒（油滴、淀粉、副淀粉、色素等）和各种细胞器（线粒体、高尔基器、溶酶体等）。高尔基器在鞭毛虫中很多，在纤毛虫中缺如或不发达。高尔基器与细胞合成产物的精制、加工和储存有关，如在合尾滴虫、鳞壳虫、放射虫等体表呈图案排列的鳞片,这些鳞片就是在高尔基器的泡囊内形成的,然后这些泡囊移到内质膜，鳞片再按一定的图案排列在体表面。电镜观察揭示大多数纤毛虫的线粒体的内膜向内突入，形成管状的嵴，但在一些鞭毛虫是片状或盘状嵴，在变形虫和簇虫是泡囊嵴。寄生在反刍动物胃中的厌氧纤毛虫的线粒体是没有嵴的囊，肠袋虫的线粒体则是有嵴与无嵴的混合体。许多植物性鞭毛虫和某些其他原生动物有呈红-紫色的色素颗粒，称为血色素，如雨红球虫、吉尼眼虫、红眼虫、赭虫。天蓝喇叭虫的外质含有1种喇叭色素，因而虫呈蓝色。
3.细胞核：根据染色质的构造可把细胞核分为泡状核和致密核两类。泡状核常见于肉足虫和鞭毛虫，致密核常见于纤毛虫的大核中。在鞭毛虫、肉足虫、孢子虫中，有的种类有很多细胞核，但都是同型核。许多原生动物在营养期间，细胞核的染色体是多倍体，有些则为二倍体或单倍体。纤毛虫有大、小核之分，小核是二倍体，大核是高度多倍体。大核的大小、形状、数量变化很大，在形状上也各不相同差异很大。大、小核内均含脱氧核糖核酸(DNA)。 一般地说小核控制细胞的遗传，大核控制细胞的营养，但这不是绝对的。已知大核在遗传上能控制表型，说明大核中也有某些控制遗传的因子。只有大核而没有小核的品系虽然能分裂和生存，但最后还是会老化。在接合生殖过程中,大核退化,由小核产生新的大核，这说明大核虽有自主性，但仍要依赖小核。纤毛虫的核二型性在整个生物界是独特的。鞭毛虫的细胞核与毛基体系统有密切关系。鞭毛的基体有根丝体联系到核上。基体与核在数量上有一定比例。在低等的鞭毛虫中一般为2∶1，即2个基体，1个细胞核。随着进化而扩大比例，在超鞭毛目中已是100～1000∶1了。
4.色素体及其附属胞器：大部分植物性鞭毛虫具有与光合作用有关的色素体和红色的眼点。眼点由 1至多个红色小球构成，对光十分敏感，能引导鞭毛虫游向阳光处。色素体有4类：叶绿素、胡萝卜素、叶黄素和藻胆素。由于所含色素体的组成和分量不同，植物性鞭毛虫在颜色上差异很大，有绿、黄、蓝等。有色鞭毛虫如长期处在黑暗而有机质丰富的环境中，色素体和眼点都退色，不再进行光合作用，它们用身体表面的渗透功能吸收营养或直接通过胞口吞入食物（如眼虫）。
5.运动胞器：与鞭毛虫、肉足虫、纤毛虫相应的运动胞器有鞭毛、伪足和纤毛。孢子虫是寄生的，无专门的运动胞器，借身体的屈曲、滑动等方式移动，仅在生活史中的变形期，其小配子可借伪足和鞭毛运动。鞭毛虫中除超鞭毛虫有许多鞭毛外,一般常为1～2根 ,少数有8根。鞭毛是细胞质的丝状突起,通常自身体前端伸出,少数自体侧、腰沟、体后伸出成舵鞭毛。鞭毛还有捕食、附着、感觉的功能。它由两部分组成:中央为1根有弹性的、由若干平行的纤维组成的轴丝，轴丝外部包着原生质鞘。原生动物中的鞭毛和一切真核生物中的鞭毛一样,是“9+2”的格式（见纤毛、鞭毛）。鞭毛是从表膜下埋在细胞质内的、可染色的毛基体亦称基体，在纤毛虫中称为动基体延伸到体外。一般鞭毛虫有2个基体,位在细胞顶端，但只有一个基体上伸出一根鞭毛，另一个基体是秃的（如低等的锥虫）或有一点鞭毛的痕迹(如眼虫)。在较高等的动鞭毛虫中，基体可有2、6、8甚至数百个不等。 在超鞭毛虫中有2000根左右的鞭毛，基体数量总比鞭毛多5个，这5个不长鞭毛的基体在个体发育上具有重要的意义。基体本身不分裂，新的基体在靠近原有的基体处形成。电子显微镜观察证实基体的外周微管排列格式与鞭毛相似，只是在双重体中增加了第3根，成为三重体。
在寄生的鞭毛虫中与鞭毛有关的构造还有波动膜、肋、脊突、副基器、副基丝、轴杆、盾、锤、纺锤簇等。鞭毛自顶端向基部作波浪运动，有平面的和螺旋的两种波浪运动形式，均可使虫体向任何方向移动。伪足根据形态可分为叶足、丝足、根足（又称网足）和轴足四类。伪足除了行动之外，还有捕食、固着、感觉的功能。关于伪足的变形运动已研究了100多年,至今仍未解决。一般认为当变形虫行动时，内质从半液态的溶胶转化为半固态的凝胶，凝胶有收缩性，它对溶胶产生微压,于是溶胶便向最薄弱的地方流去,并形成伪足。因此伪足像个凝胶管，溶胶被迫向管子流去。溶胶达到凝胶管前端接近表膜处就转化为凝胶。在后部收缩的凝胶又转化为新的溶胶。如此不断重复，溶胶不断向前流动，身体后部就不断缩小，结果伪足便增大而成为身体的主要部分，同时前面又不断形成新的伪足。这种变形运动常见于叶足型的种类。丝足、网足、轴足的运动便是另一形式，因为这类伪足很细，中央有较硬的纤维，溶胶像传送带似地沿着纤维向两个相反方向流动。纤毛与鞭毛一样，也是由轴丝和鞘组成，轴丝的亚显微结构也是按“9+2”的格式排列。每根纤毛的基体伸出一细纤维，位于基体的左边，并与同一行列内其他纤毛基体伸出的纤丝相连结，成为纵行的动纤丝。纤毛比鞭毛短而数量多。纤毛有运动、捕食和感觉的功能，而且随分工不同而特化。有的纤毛愈合成小膜，在口缘成带状排列，动作有力而协调，便于将食物驱入口中。有的纤毛愈合成大的波动膜，突出在口缘之外。在下毛类中，背部纤毛退化，腹部纤毛融合成毛笔状的棘毛。原生动物中运动最快的是纤毛虫。每根纤毛在打水时，分效力击打和恢复击打两种。整个纤毛的协调击打、沿着身体产生4种类型的节律波。
6.纤维构造：大多数原生动物都有收缩性，有的种类特别明显，如喇叭虫和旋口虫的肌丝，钟虫柄内的牵缩丝，其收缩性都很强。电子显微镜证明细胞质内都有纤维结构，除了能帮助身体收缩外，还有帮助运动（如簇虫亚纲）、保持体形（如蛙片虫、小瓜虫等）的功能。
7.支持和保护胞器：这类胞器是细胞外的构造，如柄、壳、内外骨骼、孢囊、孢子等，这些结构是多细胞动物所没有的。属于内骨骼的如动鞭毛虫的轴杆、肋，放射虫辐射伸出的刺或骨针，裸口类纤毛虫口器内的咽篮、刺杆等，多半是起支持和保护的作用。属于外骨骼最常见的是在加厚的表膜外有一层保护的壳。壳有几丁质、硅质、硫酸锶等成分，有时还有石灰质沉淀。有的壳是整片的，有的是鳞片状的，有的有精美雕刻的图案。原生动物还能从自体内射出各种突出质，用以进行防卫、攻击和取食。纤毛虫有7种突出质:刺丝泡(如草履虫)、粘丝泡（如四膜虫）、毒丝泡(如长颈虫)、系丝泡（在吸管虫的触手上）、纤丝泡(如拟小胸虫)、杆丝泡（如管刺虫）和网丝泡（如栉毛虫）。鞭毛虫中也有刺丝泡和粘丝泡，如腰鞭毛虫有刺丝囊、粘孢子虫有极丝，它们起着固着的作用。
8.伸缩泡和其他各种液泡：生活在淡水的原生动物有1至多个伸缩泡生活在海水中的和寄生的原生动物一般没有伸缩泡。变形虫只有1个伸缩泡，构造简单,位置不定，伸缩泡的周围有小囊泡,线粒体密度较大。草履虫有前后两个伸缩泡,各有1个中央泡和6根辐射伸出的收集管,收集管上有分枝小管与内质网的管道系统相连。伸缩泡的主要功能是调节渗透压。食物泡根据摄食情况分为两种：含大颗粒食物的吞噬泡和含溶解性营养物质的吞饮泡。食物颗粒或营养物质进入食物泡后，食物泡与细胞质内的溶酶体合并，食物被溶酶体释放的酶消化，未经消化的废物被排出体外。
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